Много важно е за фирмата да разбере дали нейният начин на правене на бизнес се вмества във функционалността на стандартната ERP система, преди да се започне въобще някакво внедряване и съответно да започнат плащанията за него. Най-често срещаната причина за отхвърляне (или пропадане) на скъпия ERP проект е, че фирмата открива в определен момент факта, че софтуера не поддържа един от нейните важни бизнес процеси.

В този момент има два начина да се продължи:

1. Променя се бизнес процеса, за да се настрои към софтуера, което означава дълбоки промени в утвърдени вече пътища за правене на бизнеса (което обаче, често довежда до някакво предимство пред конкурентите) и реорганизиране на важни роли и отговорности (което пък обикновено се възприема твърде болезнено);
2. Модифицира се софтуерът, за да съответства на бизнес процеса, което:

• ще провали целия проект;
• ще доведе до нови и понякога неприятни и/или опасни грешки в софтуера
• ще направи по-нататъшното ъпгрейдване (инсталиране на нови версии) на ERP системата от доставчика й твърде сложно (ако не и невъзможно), т.к. нововъведенията и промените в новите версии ще изискват преписване и на направените специално за клиента функции.

Излишно е да се споменава, че преминаването към ERP е проект от голям размер (понякога смайващо голям) и ценовите нива за реализирането му са достатъчни да смутят и най-спокойния финансов мениджър. В добавка на цената за софтуера и неговата по-нататъшна поддръжка и развитие, финансовото ръководство трябва да планира плащания за консултации, текущи доработки, обучение на персонала и още доста неща (свързани със софтуер или хардуер или ползване на ресурси от доставчика или друг консултант), преди предимствата от използването на ERP да започнат да се изявяват на практика.

Една скрита опасност е липсата на добра предварителна оценка за необходимата цена за обучение на потребителите. Ако обучението е недостатъчно, новата функционалност може да се окаже недобре разучена и да се наложи да се плаща допълнително за дублиращи функции или справки, които обаче са по-близо до старите разбирания и формати, използвани от потребителите.

Няколко такива случая на недооценяване и нецеленасочена работа при внедряване на ERP могат да доведат до спираловидно и неконтролируемо увеличение на разходите, преди да се преоцени подхода на работа, което между другото може да се случи със всяка друга внедрявана във фирмата по-голяма система.